A la cova de Mushroom Kingdom estrany moviment va començar a tenir lloc, resulta que, Bowser va decidir atacar el regne, que té les seves tropes a les catacumbes subterrànies. Mario va obrir un pla traïdor malvat i va anar a parar. A la planta l'heroi ha perdut la seva capacitat per destruir els enemics salts, pel que no s'acosten als fongs dolents, recollir suficients estrelles - que farà que els passadissos foscos i l'enemic haurà de sortir.