A l'antic Japó hi va haver una guerra constant entre dues castes de guerrers: el samurai i el ninja. Vostè en el joc Ninja Runner lluitarà al costat de l'Ordre de Ninjas. El vostre personatge va rebre un encàrrec del cap de l'ordre per fer el reconeixement en un bosc, on els destacaments de samurais es poden amagar. El teu heroi es va sumar vàlidament al bosc i va córrer pel camí. Molts perills i trampes li esperen en el seu camí. Vostè controlant el seu personatge haurà de fer-li saltar i no caure en aquestes trampes. Si trobes soldats enemics, hauràs de destruir-los tots amb l'ajuda d'una espasa. Acaba de recollir els diferents elements que cauen en el seu camí.