Una vegada que les portes infernals ja havien aconseguit tancar-se, però els esperits malignes no deixaven l'esperança d'alliberar-se de nou i ho van aconseguir després de molts anys. Aquesta vegada van obrir un portal a Mart amb l'esperança que els humans no podrien trobar-lo immediatament. Però Mart ja ha estat colonitzat, s'han instal·lat nombrosos laboratoris biològics i han treballat una massa de científics, tots ells han estat sotmesos al cruel atac de monstres. El vostre equip d'escombratge ha de destruir els monstres del Doom 3 i no haureu d'adquirir experiència Aneu al planeta vermell i vés amb compte, els monstres s'han tornat més intel·ligents i forts.