En un futur llunyà, els científics han après a reduir objectes a mides microscòpiques. Avui al joc Spore Hunter, han decidit enviar el pilot en un avió especial per explorar el món del micro. El vostre heroi haurà de volar al llarg d’una determinada ruta i explorar aquest món. Les criatures formades per espores atacaran el nostre heroi. Els números introduïts seran visibles en ells. Volen dir quants cops haureu de fer a la criatura per destruir-la. Una maniobra hàbil en el seu vaixell dispararà contra ella des de l'arma i destruirà les espores.