No en va el nostre ninja es va esgotar durant molts anys entrenant-se en un monestir d’alta muntanya. Gràcies a ells, es va convertir en el millor del seu negoci, súper ràpid i súper àgil. I ara el destí del món en què vol viure depèn de les seves habilitats i habilitats. Hi ha l'amenaça d'una explosió en una central nuclear. Es troba allunyat de les zones poblades, però si es produeix una explosió, serà de tal potència que no ho semblarà a ningú. I del poble natal de l'heroi no en queda ni un grapat de cendres. Cal arribar a l’estació en qüestió de minuts i apagar el reactor. Encara es pot fer, però a part del ninja, ningú no té aquesta velocitat. Però haurà de córrer, obviant molts obstacles i aquí no es pot prescindir d’ajudar-lo a completar els nivells abans que s’acabi el temps en el joc Nuclear Ninja.