Per retornar la llibertat al teu poble, tu, com a guerrer més valent i valent, hauràs d’anar al món fosc i lluitar amb aquell que estén la foscor a les teves terres. Paral·lelament al nostre món, n'hi ha un de fosc, és gairebé el mateix que el nostre amb ciutats, continents, estats, però allà regna la foscor. Heu trobat un portal que us transportava a terres nefastes i heu emprès un viatge per elles fins arribar al sagnant genet d’Eidolon, que és el culpable dels problemes que va patir la vostra gent. Visitarà l’Europa fosca i visitarà l’antic Egipte, on el temps s’ha aturat i el país està governat pel malvat tirà Faraó. Lluita contra monstres, formen l'exèrcit del dolent a Hexen II.