Les fruites de Fruit Ninja no s'han de menjar com a amanides o només per diversió. L'heroi del joc ninja va recollir un munt de fruites, per no perdre les seves habilitats amb una espasa katana. L'heroi treballa com a cuiner en una cafeteria, fa uns anys va deixar el seu país natal no per voluntat pròpia, sinó amagant-se de la màfia local. Però les mans de la màfia són llargues i el poden trobar en qualsevol moment, la qual cosa vol dir que cal estar preparat i entrenament. I com que no hi ha material esportiu especial a mà, hauràs d'utilitzar fruites. L'assistent llançarà síndries, plàtans, pomes, kiwis i altres fruites, i els tallaràs a Fruit Ninja.