Sonic té l'oportunitat de fer front al seu vell enemic Knuckles. L'eriçó blau va rebre informació inesperada sobre la ubicació del seu oponent i té la intenció d'anar-hi. Juntament amb el seu amic i ajudant Tails, els herois aniran a l'illa en avió. Després d'aterrar, es trobaran amb Knuckles, però ell desapareixerà ràpidament. Has d'ajudar en Sonic i el seu amic a perseguir el dolent. Va col·locar moltes trampes a l'illa perquè ningú el pogués posar-se al dia, però Sonic no es pot aturar i controlaràs estrictament el moviment de l'heroi, evitant que es trobi amb pics afilats. Recull anells, sempre seran útils per a l'heroi de Sonic 3 & Knuckles.