En l'antiguitat al servei dels emperadors de Japó va ser l'ordre del ninja. Aquestes misterioses guerres van tenir les millors habilitats d'intel·ligència en aquell moment i eren tots artistes marcials. Avui en dia, en el joc Ninja Run, t'ajudarem a una d'aquestes guerres per infiltrar-se en territori enemic. El nostre heroi s'executarà al llarg del camí, ple de trampes i altres perills. La majoria d'ells poden saltar a la velocitat i continuar. Si coneixes als soldats enemics, intenta destruir-los. També a la carretera recull diversos objectes que es troben al terra. Et donaran punts i altres bons avantatges.
