Lluny de l'espai, a l'òrbita d'un dels planetes, hi havia una nau espacial on hi havia un laboratori on es feien experiments sobre diversos animals. Van ser injectats amb ADN aliè i van veure com van canviar. Igual que amb la base, la connexió va desaparèixer i els soldats van ser enviats des del Star Assault. Anem a ser un d'ells en el joc Attack on the Mothership. El nostre personatge està armat amb una munició estàndard. La seva tasca és penetrar el vaixell i esbrinar què va passar allí. En acabar, tota la tripulació es va convertir en monstres i ara haureu d'entrar en batalla amb ells. Usant les teves armes, has de destruir de manera ràpida i eficaç tots els monstres que trobareu al pont del vaixell.
