L’antic Japó, hi havia temples especials en què preparaven guerres com el ninja. En el joc Ninja Runs 3d aneu a un d’ells i ajudeu un ninja a passar per diversos tipus d’entrenament. Avui, el vostre heroi haurà de córrer per una pista d'obstacles especialment construïda juntament amb altres ninjas i arribar primer a la línia de meta. Gestionaràs les seves accions. Has de saltar per sobre d’obstacles, escalar diversos obstacles i realitzar moltes més accions que ajudaran al teu ninja a guanyar el concurs.
