El valent guerrer ninja va entrar al territori de l’enemic. El vostre heroi ha de robar documents secrets del castell d’un dels aristòcrates. Vostè, en el joc Ninja Runner, haurà d’ajudar a la guerra de ninja per arribar-hi de forma integral. El teu heroi correrà per una determinada ruta per la carretera. S'hi situaran diversos obstacles i fracassos. Haureu de fer-ho perquè salti sobre tots aquests perills. Pel camí, intenta recollir diversos objectes i monedes d'or repartides per tot arreu.