A la segona part del joc Virus Ninja 2, ajudarà a un valent ninja guerrer a combatre diversos virus. Abans de la pantalla, hi haurà un terreny de joc on apareixeran diversos bacteris. Es mouran en diferents direccions i a diferents velocitats. Per destruir-los, haureu d’utilitzar una espasa. Mireu atentament la pantalla i condueixi els objectes amb el ratolí. Així, colpejaràs els bacteris i els picaràs a trossos. De vegades poden aparèixer bombes entre aquests objectes. No els heu de balancejar.