Mireu el Regne dels Bolets, es va produir una emergència de nou. La princesa Peach va ser segrestada. Però aquesta vegada el malvat Bowser no té res a veure, ja que no és d'estranyar. El pobre va ser arrossegat per un fantasma malvat i va fugir amb l’ostatge cap al costat fosc d’un món completament diferent, no pertanyent al que viu Mario. El valent lampista haurà de creuar-se al món de Minecraft i trobar el segrestador. Un cop a un territori estranger, Mario es convertirà en un habitant de bloc i això no sorprèn, no té necessitat de destacar. Ajuda a l'heroi de Super Mario MineCraft Runner a córrer una pista llarga amb obstacles que recullin monedes.
