Un valent guerrer ninja anomenat Kyoto es va unir a la divisió secreta del seu país. La seva tasca és eliminar els caps de la màfia. Avui en el joc Stealth Master 3D l’ajudaràs a realitzar diverses tasques. Al davant, a la pantalla, veureu el vostre personatge, que es troba a l'habitació de l'edifici amb una arma a les mans. Els guàrdies armats caminaran pel terra. Utilitzarà les tecles de control per controlar les accions del seu personatge. Haureu de fer-ho perquè pugui colar-se cap a l'enemic i després atacar amb l'espasa. Així, mataràs l’enemic i obtindràs punts per això. La vostra tasca és netejar tot el pis dels guàrdies d’aquesta manera i matar el cap.
