Després de la tercera guerra mundial, moltes ciutats es troben en ruïnes. Les persones supervivents s’han unit en grups i ara lluiten per la seva supervivència. Al joc The Last Squad, manaràs un esquadró de soldats que anà a buscar menjar i medicaments. Abans de veureu a la pantalla els soldats del vostre esquadró, que estaran ubicats en un dels blocs de la ciutat. Amb l’ajut d’un tauler de control especial, dirigireu les accions de cada soldat. Els haureu de fer avançar. Tan aviat com trobeu l'enemic, combateu-los. Utilitzant diverses armes petites, granades i explosius, hauràs de destruir l’enemic i aconseguir punts.