A prop d'un petit poble situat al Japó, van aparèixer els morts vius. Vaguen per l'assentament de nit i s'alimenten de la gent. El valent guerrer ninja Kyoto va rebre l'ordre de l'emperador de destruir els zombis. Tu en el joc Ninja Versus Zombie ajudaràs al ninja en això. Davant de tu a la pantalla hi haurà una àrea on es trobarà el teu personatge. Amb les tecles de control dirigiràs les accions del ninja. Haurà de córrer cap endavant pel terreny i mirar amb cura al seu voltant. Al llarg del camí, podrà recollir monedes d'or i altres articles escampats per la ubicació. Tan aviat com trobis un zombi, ataca'l. Utilitzant diverses armes de l'arsenal ninja, destruiràs zombis al joc Ninja Versus Zombie i aconseguiràs punts.