En una guerra, l'enemic intenta principalment destruir les instal·lacions militars: aeròdroms, unitats militars, dipòsits de municions. A Atomic Fighter 2D, prendràs el control d'un avió de caça per protegir el cel sobre una base militar. Un esquadró d'avions d'atac enemics i bombarders ja s'hi acosta. La teva tasca és mantenir la defensa i atacar activament l'enemic al llarg de tot el front. Mou el caça cap a l'esquerra o cap a la dreta, allunyant-te del bombardeig cap als avions enemics que volen i atacar i disparar, destruint els avions un per un. Recolliu diverses bonificacions sobre la marxa, us ajudaran a fer front a un gran nombre d'enemics avançats a Atomic Fighter 2D.