L'heroi de City Run 3D és un ciutadà nadiu. Es mou per la ciutat amb cotxe, s'asseu a casa mirant la televisió i en general es mou poc. Aviat va començar a notar que el seu pes augmentava. Li costava més pujar les escales i, en general, la seva salut va començar a deteriorar-se. Això va espantar una mica l'heroi i va decidir fer esport, escollint córrer. Just al matí va sortir a córrer i et demana que l'ajudis a respondre a diversos obstacles. A la carretera on correrà, els cotxes condueixen, hi ha diversos obstacles sota els quals cal doblegar-se. Recull monedes controlant les claus WASD. Ajuda l'heroi a córrer tant com sigui possible a City Run 3D.
