Un valent samurai anomenat Jack és membre d'una ordre secreta que protegeix la pau del nostre món de diversos monstres d'universos paral·lels. Un dia, diversos monstres van poder trencar portals del temps al nostre món. Ara el nostre heroi haurà de viatjar amb l'ajuda d'un amulet especial segons aquests temps. Allà haurà de trobar els monstres i destruir-los. Tu en el joc Samurai Jack: The Amulet Of Time ajudaràs al samurai en aquestes batalles. Davant teu, el teu personatge serà visible a la pantalla, que es troba en una zona determinada. Davant seu veuràs un monstre. Amb les tecles de control, hauràs de forçar el teu heroi a atacar l'enemic. En colpejar amb una espasa, destruiràs l'enemic i aconseguiràs punts.