Al joc Atom War aniràs al món on viuen les partícules més petites, que anomenem àtoms. Ha començat una guerra en aquest món i hi participareu. Veureu el vostre àtom vermell a la pantalla davant vostre. Tindrà una mida determinada i un petit camp de força serà visible al seu voltant. Al voltant del vostre àtom, altres partícules començaran a aparèixer amb un color blau. Haureu d'examinar-los acuradament i trobar-ne els que siguin més petits que el vostre personatge. Això vol dir que aquestes partícules són més febles que el vostre àtom. Haureu de perseguir-los i després atacar. En destruir l'àtom blau, rebràs punts i el teu personatge es farà més gran i més fort.
