En el fons de la selva viu un goril·la anomenat Donkey que sempre ajuda els seus amics. Un cop el nostre personatge va decidir anar a visitar els seus parents llunyans que viuen a l'altre costat de la selva. Tu en el joc Super Donkey Kong 99 hauràs d'ajudar l'heroi en aquesta aventura. El teu personatge serà visible a la pantalla davant teu, que, sota la teva guia, avançarà pel camí, agafant velocitat gradualment. En el camí, el teu personatge haurà de recollir plàtans i monedes d'or escampades per tot arreu. També haurà de superar diverses trampes i obstacles que es trobaran al seu camí.
