L'apocalipsi pot passar per diversos motius, al joc Apocalypse Run ajudaràs a l'heroi que estava al centre de l'apocalipsi que va aparèixer com a conseqüència de l'aixecament de les màquines. La intel·ligència artificial, l'aparició de la qual era tan esperada i tan admirada pel seu ràpid desenvolupament, va decidir que ara no necessita persones. A més, fins i tot són perjudicials, perquè ho fan tot malament, sovint es comporten de manera irracional, destrueixen el medi ambient i maten la seva pròpia espècie. A la ment de la màquina s'ha format una forta creença que l'home és el principal mal del planeta i s'ha de destruir. Així va començar la destrucció sistemàtica de la humanitat, i l'heroi d'Apocalypse Run vol evitar-ho i l'ajudaràs a lluitar contra els robots.
