A la Matrix es van crear diversos prototips i un d'ells, el número 09435, va resultar ser el més reeixit. Aquest és un noi digital que va començar a desenvolupar-se d'una manera sorprenent ràpidament i aviat va voler explorar el món exterior. Va trobar la manera d'abandonar la matriu i va anar cap a Prototype Guy. Els creadors van decidir no interferir amb el noi, et demanen que l'ajudis a adaptar-se, superant els obstacles. Cal saltar per sobre de punxes afilades i robots quadrats. Per cert, els robots es poden destruir saltant directament sobre ells. Si no es supera l'obstacle, l'heroi tornarà a començar a Prototype Guy.
