El ninja acabava de tornar d'una excursió i va decidir visitar el seu monestir natal, on estudiava i el seu mestre preferit, que li va donar una gran quantitat de coneixements i li va ensenyar a controlar el seu cos i esperit. Trobà els monjos desesperats i molt frustrats. El dia abans, el samurai vermell va atacar el monestir i va robar una col·lecció de pedres antigues amb runes. Són pedres sagrades que es conserven al monestir durant segles. El nostre heroi va jurar tornar tot el robat i de seguida va començar el seu viatge. Ajuda l'heroi de Ninja Run a complir la seva missió sagrada. El ninja correrà i tu l'ajudaràs a saltar per sobre dels obstacles i els enemics a temps, recollint pedres.
