En l'antiguitat, les persones no tenien un sol déu; creien en diferents déus, cadascun dels quals era responsable de la seva pròpia direcció. Els esdeveniments del joc Pyramid Puzzle tenen lloc a l'antic Egipte durant l'època de la llegendària reina Cleòpatra. Ella vol esbrinar com el faraó recentment mort tenia habilitats especials i si el gran déu Ra va estar implicat en això. La reina envia la seva fidel criada Hanna a descobrir els secrets del faraó, però per fer-ho necessita penetrar dins la piràmide i fins i tot visitar sales secretes, l'entrada de les quals està tancada als forasters. Ajuda a la noia a completar la tasca. La reina està esperant els resultats i no estarà contenta si no estan al trencaclosques de la piràmide.
