A través de les seves activitats poc raonables, l'home ha creat un desequilibri en el món dels virus. Si abans podien conviure amb els humans, des que va aprendre a combatre'ls, els virus van començar a mutar i canviar. Enfortint-se i aquest procés no s'atura. Amb aquest enfocament, podeu obtenir un virus que cap vacuna pot prendre. Però hi ha una altra sortida: portar un estil de vida saludable, enfortir el sistema immunitari perquè els virus bons s'enfrontin als dolents. Al joc Run Healthy 2, ajudaràs a l'heroïna a passar els nivells, fent-se més saludable. Per fer-ho, recollir pomes, manuelles, passar per la porta verda i, a la meta, cal agafar un martell enorme i colpejar Run Healthy 2.