La màfia del Japó s'anomena Yakuza i és una organització criminal molt greu que opera fora de la llei segons les seves pròpies normes. Si necessita alguna cosa, ho pren, independentment de les vides i necessitats d'aquells que s'interposen en el seu camí. Samurai vs Yakuza et presenta un samurai que vol salvar el seu poble. Els bandolers els agradava per l'antic temple que es troba al seu territori. En aquest temple hi ha diverses figuretes valuoses, que el cap dels Yakuza volia posseir. El nostre heroi es va posar en el camí de tot un exèrcit de la màfia i, amb la teva ajuda, repel·lirà l'atac dels lladres amb túnica negra a Samurai vs Yakuza.
