La força d'aterratge espacial de Doom 2D va ser enviada a Mart, on es troba un complex propietat de la United Space Corporation. Allà es va fer una investigació secreta sobre l'infern. El laboratori es va construir sobre un portal que un cop va ser descobert i els científics van començar a estudiar-lo i la possibilitat d'utilitzar-lo en benefici de la humanitat. Al final, tot no va sortir com estava previst. Els dimonis van sortir del portal i van atacar els colons. El paracaigudista ha de recuperar fitxers secrets de recerca als discs durs i salvar els que segueixen vius. Ajuda'l, haurà de moure's per les instal·lacions, lluitant contra criatures demoníaques a Doom 2D.
