El ninja va estudiar durant molt de temps i finalment ha arribat el moment d'utilitzar els seus coneixements i habilitats a Dark Ninja Hanjo. Sensei va informar al seu alumne que estava disposat a començar una vida independent, però al mateix temps, se li va demanar a l'antic alumne que portés a terme una missió molt important per restaurar la ciutat. La missió mostrarà com de preparat està l'heroi. La ciutat està consumida per la foscor; per alliberar-la, hauràs de lluitar contra dimonis o guerrers posseïts. El ninja serà capaç de demostrar de què és capaç. Rebeu instruccions del professor en l'etapa inicial, acompanyarà el seu alumne, però després haureu d'actuar pel vostre compte a Dark Ninja Hanjo.
