Els ninjas van aparèixer al Japó medieval i van servir com a espies, exploradors i sabotejadors de reconeixement. Portaven roba fosca, es tapaven la cara i operaven principalment de nit, movent-se en silenci i realitzant les tasques assignades. Tots els ninjas dominaven l'art del ninjutsu. Essencialment, els ninjas són un tipus de guerrer utilitzat en operacions especials, com les forces especials japoneses. L'heroi del joc Ninja Speed Runner també té una missió secreta, de manera que es mou ràpidament. Els shurikens volen cap a ell, dels quals ha d'esquivar i tu l'ajudaràs amb això, obligant l'heroi a saltar o a agafar-se a Ninja Speed Runner.
