L'heroi de píxels en miniatura porta Micro Metroid a un viatge per un món de microplataforma a l'estil Metrovania. Ajuda'l a passar per zones perilloses de les plataformes i només es faran més nombroses. Compte amb els engranatges i tria llocs on pots saltar a la plataforma i seguir endavant. Hi haurà banderes al llarg del camí: aquests són punts de control que us proporcionaran un lloc on l'heroi tornarà si puja a puntes o cau d'una plataforma a Micro Metroid.
