Mentre investigava un altre cas, l'heroi del joc Mystery Subway Escape 2, el detectiu Michael, va trobar una entrada secreta a les estacions de metro abandonades. Poca gent els coneix. No parlem de túnels tècnics, sinó d'estacions que abans estaven operatives, però que per una o altra raó van resultar tancades i no reclamades. Hi van quedar alguns equipaments, coses i objectes que no es van llençar perquè encara podrien ser útils. És allà on el nostre heroi buscarà proves, i després una sortida, ja que la porta per on va entrar va ser tancada per algú a Mystery Subway Escape 2. Pel que sembla, l'estaven observant i van decidir desfer-se del minuciós detectiu.
