L'heroi del joc Counter-Strike: Reboot haurà de participar en dotze missions amb la teva ajuda. Com que el contingut es manté estrictament secret, els objectius es revelaran a mesura que completeu la missió anterior. El primer es diu Alpha i la teva tasca és repel·lir l'atac dels terroristes que volen capturar la teva base. En altres missions hauràs de realitzar altres tasques, com ara: alliberar ostatges, destruir bases terroristes, netejar mines, etc. Totes les missions estan limitades en el temps, cal resoldre problemes de manera ràpida i eficient a Counter-Strike: Reboot.
