La vida al regne dels bolets torna a ser interrompuda pel segrest de la princesa Peach. Bowser no es pot calmar i no pot inventar res de nou excepte segrestar la princesa. Mario a Super Mario Flash farà un viatge per salvar una noia, aquesta no és la primera vegada per a ell, i tens un motiu per tornar a ser partícip d'una divertida aventura. Guia en Mario per les plataformes, saltant sobre bolets i tortugues malvades. Troba el gran agàric de mosca màgic que convertirà el lampista en Super Mario. A més, pots trobar una flor màgica a les plataformes, que també reforçarà l'heroi i li donarà força a Super Mario Flash.
