Les aventures de Mario continuen a Super Mario Flash 2. la seva missió anterior per salvar la princesa Peach va tenir èxit, però l'heroi no va haver de descansar sobre els llorers durant molt de temps. La pobre princesa va tornar a ser segrestada i aquesta vegada ho va fer un drac. Va col·locar el captiu a la torre i demana la submissió completa del Regne dels bolets. Mario encara no havia tingut temps de descansar, però va tornar a marxar. Aquesta vegada s'haurà d'enfrontar a més enemics, els atacaran en massa. Sigues ràpid i àgil mentre saltes sobre el cap dels teus enemics i destrueix-los a Super Mario Flash 2.
