Undying Contra va inspirar als creadors del joc Rogue Trigger amb la idea de noves aventures d’un valent guerrer solitari que, en la mesura de les seves modestes forces, combat el terrorisme mundial. Haurà d’infiltrar-se en una base militar enemiga. On s’estan desenvolupant armes biològiques secretes. Segons la intel·ligència, s’estan realitzant experiments amb animals destinats a fer soldats obedients dels animals i utilitzar-los contra enemics. El nostre heroi s’ha d’infiltrar a la base i trencar-la a trossos. Però les aproximacions a l'objecte estan ben vigilades. Haureu de conèixer desenes de combatents ben entrenats. Dispararan des de tots els costats i només l’agilitat, la destresa, la velocitat de moviment i el tir precís ajudaran el personatge a sobreviure i a completar la tasca.