Una matinada, els habitants de la ciutat de Metròpolis veien com una multitud d'naus espacials descendien del cel del que apareixien els nouvinguts. Van obrir foc immediatament a civils i van començar a caçar per ells. L'heroi valent que sempre ha defensat la ciutat ha de lluitar de nou. Estem en el joc Superman: Theme is Aliens ajudarà a Superman a defensar la seva ciutat i destruir els seus oponents. El nostre heroi haurà de ser guiat pel radar, que li dirà on estan els soldats estrangers. Després d'això, dirigir-se a ells haurà d'atacar a l'enemic. Pots matar-los amb punxons o utilitzar les super habilitats del teu heroi.
