Les tortugues ninja van tornar de la seva pròxima assignació i van trobar que el seu professor Splinter estava desaparegut. Un equip de tortugues ja havia frustrat diversos plans dolosos i l'enemic invisible va decidir venjar-se cruelment segrestant el seu sensei. Seleccioneu el personatge que primer va a la batalla amb els mutants. Leonardo és el mestre de les lluites katan, el líder de l'equip Raphael maneja hàbilment els Sayès, Donethello utilitza un personal especial i Michelangelo prefereix nunchaku. Seran ajudats per l'abril, que magistralment posseeix un batec de màgia de beisbol verd.