Spider-Man ha passat coses inusuals de vegades, sobretot darrerament. Pot anar a dormir a casa seva i despertar-se en un lloc completament diferent. Es tracta d’un tipus de màgia o super tecnologia, que heu d’esbrinar abans que empitjori. Al joc Marvel Ultimate Spider-man Mystery City, tu i un superheroi us trobareu en una misteriosa ciutat que no apareix al mapa. Molt probablement es troba en un univers paral·lel. Spider-Man vol entendre com es transporta a l’espai i per què exactament aquí. Per moure’s per la ciutat. Cal saltar i aterrar exactament sobre les rajoles blaves, en cas contrari, l'heroi pot resultar ferit a Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.