Fins ara, Mario només havia de fer front a bolets malvats, cargols i altres servents del seu etern enemic Bowser. Però aquestes són només flors en comparació amb el que l’espera a Super Mario Commander. Es va produir un atac insidiós des de l’espai al món de Mario inesperadament. Criatures terribles i vicioses, armades fins a les dents, van causar estralls en l’antic regne pacífic. Mario haurà d’agafar una arma seriosa i fer el paper d’un superheroi. I perquè tingui èxit, ajudeu el lampista a dominar un nou paper per si mateix. Cal esborrar les plataformes de pirates espacials i tornar el món a la terra amb Super Mario Commander.