Tot al món del joc s'ha capgirat. A l'anteriorment pacífic Regne dels bolets, on sempre estava tranquil i només els bolets o les tortugues podien tornar-se una mica entremaliats, van començar a aparèixer enemics realment perillosos: els zombis. No per primera vegada, en Mario va haver d'agafar una arma poderosa per resistir la invasió, sinó el món s'acabaria. Al joc Super Mario Shooting Zombie, pots ajudar l'heroi a eliminar els no-morts dels llocs on esperaven amagar-se i amagar-se fins a temps millors. Heu d'aconseguir els no-morts de tot arreu, utilitzant tots els objectes disponibles, així com fer un rebot a Super Mario Shooting Zombie.