En Mario no està entusiasmat amb Halloween, perquè normalment en aquest moment tots els esperits malignes s'activen a les extensions del Regne dels bolets i en Bowser allibera tots els seus sequaços per fer un embolic. A Super Mario Flash Halloween Version, ajudaràs en Mario a trobar tots els dolents i acabaràs amb ells saltant des de dalt. Tots els amics de l'heroi i fins i tot el germà de Luigi s'amaguen a casa i no treuen el nas, només que el valent lampista no té por de ningú. I hi ha una raó per a això: ets tu, el jugador àgil, qui controlarà l'heroi i no el deixaràs equivocar a Super Mario Flash Halloween Version.