Al regne dels bolets, problemes de nou, criatures desconegudes amb màscares i bates van envair la terra, i no es tracta de persones, sinó aparentment de robots que s’oposen a tots els éssers vius. Estan ben armats i les armes no tenen un origen terrestre. Però el nostre heroi Mario tampoc no es troba a faltar a Super Mario Mission Impossible. Està manejant un potent blaster que dispara un feix làser mortal per tal de destruir enemics inusuals. Però només hi ha un lampista i hi ha molts robots, així que afanya’t a ajudar-lo i destrueix tots els que el trobin en el seu camí. L’heroi es mourà constantment i és important no deixar que l’enemic s’acosti massa a Super Mario Mission Impossible.