Dos germans, de viatge, van trobar l'entrada a una misteriosa cova. Van decidir explorar-lo, però no sospitaven que era un portal a un altre món i va resultar obert. Els herois en un instant van resultar estar molt lluny de casa seva i ja no és possible tornar pel mateix camí. El portal s'ha tancat, has de buscar altres sortides i ajudaràs els herois en la seva recerca al joc Super Brothers. A cada nivell, cal recollir cristalls i claus de sis cares sense fallar. Sense ells, les portes de pedra no s'obriran. Cada germà té les seves pròpies capacitats. Un sap com passar fàcilment les barreres d'aigua i l'altre - el foc. Els herois s'han d'ajudar mútuament per evitar trampes i recollir claus a Super Brothers.