En Mario, un lampista estimat per tots nosaltres, es va interessar per un esport de carrer com el parkour. El nostre heroi va decidir entrenar-se en aquest esport als terrats dels edificis de la ciutat. Tu a Super Mario City Run t'uniràs a ell en aquest entrenament. Davant teu a la pantalla veuràs en Mario dret al terrat de la casa. Sota la teva guia, correrà cap endavant agafant velocitat gradualment. Mireu atentament la pantalla. En el camí del teu heroi hi haurà fallades que separen els sostres dels edificis. Quan corre cap a un d'ells a una certa distància, hauràs de fer-lo saltar. Així, el vostre heroi saltarà per sobre d'aquest perill. A més, apareixeran obstacles davant del Mario. En alguns d'ells, podrà pujar a la carrera, sota d'altres, al contrari, haurà de conduir d'esquena per sota del fons. En el camí, en Mario ha de recollir diversos articles que us aportaran punts i poden oferir a l'heroi diversos tipus de bonificacions.