Ha començat una guerra entre els clans ninja que donen suport a diversos bàndols en la lluita entre les forces de la Llum i la Foscor. Al joc Ninja Legend, ajudaràs al teu heroi a lluitar contra els ninjas foscos que van atacar el monestir, on preparen els guerrers de les forces de la llum. Davant teu a la pantalla veuràs el teu personatge armat amb un escut i una llança. Els llancers de l'enemic es mouran en la seva direcció. Tu, controlant el teu heroi, hauràs de calcular la trajectòria del llançament i llançar una llança a l'enemic. Si el teu objectiu és precís, la llança colpejarà l'enemic i el destruirà. També es llançaran llances al teu heroi. Haureu d'utilitzar el vostre escut per lluitar contra ells. A més, el vostre heroi pot utilitzar diverses habilitats màgiques per protegir o atacar els enemics.