Els pirates van aconseguir tothom i fins i tot el ninja va perdre la paciència i va decidir castigar els presumptuosos lladres del mar. Un esquadró de ninjas va instal·lar una emboscada en una de les illes on els pirates busquen periòdicament amagar els seus tresors robats. Al joc Angry Ninja ajudaràs al ninja a destruir els pirates. Els dolents intentaran construir fortificacions i amagar-se darrere d'ells, però els teus trets precisos escombraran tot el que trobin al seu pas. El joc Angry Ninja està fet a l'estil dels Angry Birds, però en lloc d'ells i els porcs, personatges completament diferents. Els mateixos ninjas es convertiran en projectils i els llançaràs als pirates que s'amagaven darrere de diversos tipus de bigues a Angry Ninja.