El ninja va decidir estirar les cames i córrer per la ciutat recollint monedes. Al joc Ninja Runner coneixeràs un heroi i l'ajudaràs a organitzar parkour a la ciutat. No hi ha altures insuperables per a l'heroi, pots fer clic a sobre del tipus diverses vegades i saltarà a qualsevol cim: una plataforma, una torre i un altre cim. Després d'haver passat pel nivell, podeu passar a un altre, però aneu amb compte, als nous nivells hi haurà obstacles addicionals en forma de punxes afilades que no haureu de saltar per no perdre els cors de la vida. Cada cop hi ha més obstacles esmolats, la qual cosa significa que hauràs de ser molt ràpid i àgil per salvar el ninja de perdre vides a Ninja Runner.