Els habitants d'un petit poble japonès estan constantment oprimits per l'aristòcrata local. Un samurai que viatjava pel Japó va decidir ajudar-los. Per fer-ho, haurà d'infiltrar-se a la finca d'un aristòcrata i destruir-la. Tu en el joc Mini Samurai Kurofune ajudaràs al samurai en aquesta aventura. El vostre heroi haurà d'entrar a la finca que està custodiada per mercenaris ninja. Atacaran el teu personatge. Controleu les accions de l'heroi que lluitarà contra elles. Amb hàbil maneig d'una espasa i utilitzant tècniques de combat cos a cos, hauràs de destruir tots els teus oponents. Per això al joc Mini Samurai Kurofune se't donaran punts. Després de la mort de l'enemic, recull els trofeus que li cauran.